工程管理专业源于1983年在基本建设管理教研室的基础上成立的管理工程系。1985年设置管理工程（水利电力工程）本科。1993年管理工程系改名为国际工商学院，同时成立工程管理系。1999年本科专业正式更名为工程管理专业。2009年水利部水利经济研究所并入，成立工程经济与工程管理系。专业2005年首次通过原建设部的专业评估，2010年、2015年、2020年三次通过住建部的专业复评。2006年获校品牌专业资助建设，2012年通过江苏省特色专业验收，2019年入选首批国家级一流本科专业建设点，2024年通过江苏省品牌专业验收。专业拥有完整的本科-硕士-博士培养体系，设有博士后流动站，所在学科管理科学与工程为江苏省重点学科、江苏省优势学科，在第四轮教育部学科评估中获评B+。在《2024软科中国大学专业排名》中评级A等，全国第19名。现有江苏省一流本科课程2门，江苏省重点教材1部，住建部“十四五”规划教材2部，获江苏省教学成果二等奖1项、河海大学教学成果一等奖2项。
工程管理专业是土木水利类工程学、管理学、经济学、法学、信息科学等交叉融合而成的复合型专业。致力于培养适应新时代中国式现代化建设与国家战略发展需求的，具有爱国精神、可持续发展理念、高度社会责任感和历史使命感，具有“基础宽、实践强、学风好、品德优”的特点，和扎实的管理学、经济学、法学、土木水利类工程技术等多学科知识基础，掌握现代管理科学方法和数字化信息技术手段，具备创新精神和实践能力，具有全球意识、跨文化交流、通晓国际规则、参与国际合作与竞争能力的德智体美劳全面发展的高级工程管理人才。学生毕业后约40%继续深造，深造学校包括河海大学、同济大学、天津大学、南京大学、武汉大学、中国科学技术大学、新加坡国立大学、香港大学、香港理工大学等知名高校。学生毕业后可在国内外能源、水利、交通、金融等领域就业，具体去向包括政府部门和事业单位，三峡集团、国家电网、中国电建等大型央企国企，金融机构，设计院和科研单位等。
